卵巢囊肿在早期并无明显的临床表现，患者往往因其他疾病就医，而在行妇科检查时才被发现。以后随着肿瘤的生长，患者有所感觉，其症状与体征因肿瘤的性质、大小、发展、有无继发变性或并发症而不同。患者未触及下腹肿块前的最初症状是下腹不适感，表现为下腹或骼窝部充胀、下坠感。按腹部而发现腹内有肿物，感觉腹痛，月经出现紊乱，囊肿若发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。
中等以下的腹内肿块，如无并发症或恶变，其最大特点为可动性，往往能自盆腔推移至腹腔。 肿块一般无触痛，但如有并发症或恶变，则不仅肿块本身有压痛，甚至出现腹膜刺激症状。
腹水存在常为恶性肿瘤的特征，但良性囊肿如卵巢纤维瘤及乳头状囊腺瘤亦可产生腹水。
其特征是腹部极度膨大、显著消瘦、痛苦的面部表情及严重衰竭。
1.卵巢黏液性肿瘤：肿瘤虽大而无显著症状，囊性而略带充实感，形状稍不规则者。
2.卵巢纤维瘤：大如手拳、实性、表面有结节感、浮动于腹水中，并有一侧胸腔积液者。
4.良性肿瘤恶变：若以上情况突然生长迅速，并有肿瘤之一部变硬(癌变)或变软(坏死、出血)，由原先之可动变为固定。
⒈非肿瘤性卵巢囊肿：也叫做功能性囊肿，卵巢瘤样病变：这是最常见的囊肿。妊娠黄体瘤、卵巢间质增生、卵泡膜细胞增生、卵巢重度水肿、单发性、多发性滤泡囊肿，黄体囊肿，多发性黄素化滤泡囊肿、多发性黄体等等，其中滤泡囊肿、黄体囊肿最常见。发生在排卵周期的育龄妇女，单侧，壁薄，直径多<125px，罕见超过 200px。可暂行观察或口服避孕药。但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。
2.肿瘤性卵巢囊肿：观察三个月后仍然存在的可能是属于肿瘤性的卵巢囊肿，准确的说它属于卵巢肿瘤，既然是肿瘤就有良性和恶性，囊性、实性之分。临床上，在卵巢组织发生学基础上又分为四类：上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤、性索间质肿瘤及转移性肿瘤。因为卵巢位于骨盆腔内，位置较深，早期常无明显症状，为人们所忽视，并且不容易早期发现。因此一旦确定是卵巢肿瘤，如浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、良性囊性畸胎瘤等，虽大多为良性，但有转化为恶性的可能，因此均需早期诊断、早期手术切除。
3.子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）：比较特殊的一类卵巢囊肿，子宫内膜异位病灶可以侵犯身体的任何一个部位，卵巢巧克力囊肿是指异位子宫内膜长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。此类卵巢囊肿是25-45岁的生育年龄妇女最常见的疾病之一，发病率为10-15%。因为子宫内膜异位病灶会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。经过评估其严重性后，可能需要手术处理。
4．输卵管卵巢囊肿：不是真正意义上的卵巢囊肿，不属于功能性的卵巢囊肿，也不属于非功能性的卵巢囊肿，甚至不能算作卵巢囊肿，因为它可能为炎性囊性积液，位于卵巢与输卵管之间的系膜内。常有不孕或盆腔感染史，可以两侧附件区条形囊性包块，边界较清，活动受限。但因为常与卵巢囊肿不易鉴别，所以暂且归于卵巢囊肿行列。