采取综合治疗，以对症为主，实行个体化原则。药物治疗应视情况而定，患者多在门诊接受治疗。需强调对患者解释病情，避免紧张和顾忌加重病情。建议忌烟酒或辛辣刺激食物，少食多餐。精神因素明显者可给予心理和行为治疗，可利用权威医师的影响对患者的治疗效果进行暗示。也可通过转移注意力的方式减轻患者对自身症状的关注。
胃复安可促进胃贲门及近段小肠收缩，使胃排空加速，可减轻胃排空障碍患者的症状，也可进而减少胆汁和胰液的分泌，缓解返流性胃炎的症状。多潘利酮(吗丁啉)为外周多巴胺受体阻滞剂，与多巴胺受体具有极强的亲和力，特异性地与消化道多巴胺受体结合，阻断多巴胺对消化道平滑肌的抑制作用，提高下食道括约肌压力，加速胃排空，促进胃窦、十二指肠协调性，恢复胃协调运动，减少胆汁反流。由于不易通过血脑屏障，对脑内多巴胺受体无抑制作用，无锥体外系症状。用法：10~20mg，3次/日，餐前15min口服。莫沙必利作用类似于西沙比利，用法5~10mg，3次/日，餐前15min口服。该药是否对心脏有影响较少。
主要适合上腹痛为主要症状者。可选用口服药物如西咪替丁(cimetidine，，泰胃美)、雷尼替丁(ranitidine)、法莫替丁(famotidine，高舒达)等。疗效差者可用质子泵抑制剂(PPI)，如奥美拉唑(Omeprazole，洛赛克)、兰索拉唑(Lansoprazole，达克普隆)、雷贝拉唑(Rabeprazole，波立特)，详见“胃食管反流病”的治疗。
FD患者常有明显的精神心理因素影响，有不同程度的抑郁和焦虑情绪，用抗抑郁治疗可改善患者的精神和躯体症状。对患者解释病情，消除顾虑与紧张情绪。若病人焦虑、抑郁明显者，可给予药物治疗。常用药物为盐酸氟西汀(百忧解)和帕乐西汀(赛乐特)，两者均为5-羟色胺再摄取抑制剂，副作用较少，一般以20mg/次，1次/d。伴睡眠障碍者可加用苯二氮卓类如安定。由于抗抑郁药起效缓慢，服药10~15d才起作用，故可在用药初期酌情联合使用起效快的胃肠动力药和镇静药，以暂时缓解症状，增加患者治疗信心。
也为临床治疗常用药物之一，以铝碳酸镁效果较为明显。该药为氢氧化铝、氢氧化镁、碳酸盐和水的化合物，其作用是使胃液达到pH3~5的最适范围，而不是单纯的碱化胃液，还可与胆酸、胃蛋白酶可逆地结合。故除有迅速有效的止痛外，具能治疗胆汁反流、保护胃黏膜，可缓解功能性消化不良的症状。
对小部分FD伴有H.pylori感染的患者应加用杀灭H.pylori药物，一般采用二联或三联药物疗法。