成立于1925年的北京协和医院代谢病房标志着北京协和医院系统地开始内分泌代谢疾病临床诊疗和科研工作。1958年，著名内分泌和代谢病学家、临床生化学家刘士豪教授创立北京协和医院内分泌科。早在上世纪三十年代刘士豪教授所主持的关于钙磷代谢的研究，发表了十几篇颇具国际影响力的论文，其中1942年在著名国际期刊《science》杂志上发表的“Treatment of Renal Osteodystrophy with Dihydrotachysterol (A.T.10) and Iron”论文，他首次提出了肾性骨营养不良(osteodystrophy)的概念并一直沿用至今。美国代谢骨病专家Parffit教授称：“三四十年代全世界关于钙磷代谢的研究大部分出自于北平的协和医院。”目前内分泌科是全国内分泌和代谢病疑难重症的诊治中心，。
在医疗方面内分泌科每年门诊诊治来自国内外的患者10万人次左右，每年收住院1300人次左右。许多疑难重症患者在这里得到了正确诊治，为此国际著名的内分泌学家J.D.Wilson教授特别撰文称：“北京协和医院，一座蕴藏内分泌财富的殿堂”，发表在国际著名学术期刊(J Clin Endocrinol Metab 1992)上。我科是国内目前分支学科最全面的内分泌学科，设有糖尿病、垂体、甲状腺、肾上腺、内分泌高血压、代谢性骨病和肥胖7个研究组。内分泌科学术梯队合理、阵容强大。多年来内分泌科在科研上取得了丰硕的成果，每年有50余篇科研论文发表，曾获得国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、。由中国工程院院士史轶蘩教授主编的《协和内分泌和代谢学》，是集内分泌代谢病的基础和临床、普遍规律和协和经验于一体的经典之作，成为国内许多内分泌专科医生案头必备参考书。内分泌科在国内外具有一定的学术影响，每年都有多篇学术论文参加国际会议交流。经过几代人的努力，内分泌科以科室的骨干力量为主，团结联合国内外同道，先后创立了中华医学会内分泌学会、中华医学会糖尿病学会和中华医学会骨质疏松和骨矿盐疾病学会等。有多名教授曾经或现任中华医学会内分泌学会、中华医学会糖尿病学会和中华医学会骨质疏松和骨矿盐疾病学会的主任委员或副主任委员，并且担任国内多个学术期刊的主编、副主编或编委。内分泌重点实验室除承担科研工作以外，还承担日常大量的临床检验工作，常规检测甲功等25个项目。
北京协和医院内分泌科成立后成为我国内分泌专业的最为重要的专业医师教育和培训中心，为全国各地输送了大量的高级专业人才，全国很多省市的内分泌学科的创始人都曾经在协和内分泌科学习和培训。目前每年接受10-15人来我科进行为期1年的进修学习，10-20人进行为期3-6个月的参观学习。近几十年来内分泌科在医疗、教学和研究等方面得到了全面发展。