北京阜外医院2002年9月成立了心力衰竭监护病房，建立心力衰竭患者住院的绿色通道，以期改善当前晚期心衰患者住院难、疗效差、预后坏的状况。经过3年成功的试运行，为了进一步探索心力衰竭的发生、发展机制和规范化治疗，探索治疗干预前移，于2005年3月正式成立了心力衰竭诊治中心，以促进心力衰竭的医、教、研工作的发展，首任中心主任由阜外医院副院长，心内科主任，中国著名心内科专家杨跃进教授兼任。至今已收治各种病因的重症心力衰竭患者约2500例。心力衰竭诊治中心，坚持以心力衰竭规范化的诊治为中心(一个中心);以指导人才培养和药物临床试验两大开放式平台(两大平台)为导向;以建立多学科协作、新技术应用和内、外科桥梁为理念(三大理念);以促进心力衰竭的医、教、研和防四大工作一体综合发展为目标(四大目标)。
1.心力衰竭的规范化诊断和治疗。 现有国内第一家心力衰竭重症监护病房。常规对重症和特殊类型的心力衰竭患者进行有创血液动力学监测，以指导抢救治疗。并内、外科联合治疗终末期心衰。每天均有副教授以上的心力衰竭诊治专家在门诊出诊。
2.与体外循环科、麻醉科等协作，开展了体外膜肺氧合(ECMO)在急性失代偿性心衰抢救中的应用。
3.2002年9月在国内首先开展了无创通气治疗急性心力衰竭的工作。
4.2003年在国内最早开展静脉注射倍他乐克抢救缺血性心衰急性加重患者的工作。该治疗在2005年欧洲急性心力衰竭诊治指南中才得以提出(Ⅱb 类建议，C 级证据)。
5.内科救治和筛选心脏移植病例，并进行术前准备和术后抗排异药物治疗和监测。
6.心肌活检工作：利用心肌活检技术对心脏移植患者进行术前的病因诊断和对移植术后患者移植排斥反应的监测评估。从2004年到2006年，共进行心肌活检120余例，均无严重并发症发生，为国内领先。
1.开展了BNP对心力衰竭诊断、病情判断和预测的应用研究。
2.探索心力衰竭的危险因素和建立慢性心力衰竭的危险分层系统，该课题为北京市重点攻关项目。
5.开展了心力衰竭患者睡眠呼吸暂停综合征的诊断和治疗研究
6.建立起国内首家重症心力衰竭患者新药临床研究的平台，已经成功完成和正在评价临床药物试验有：达利全与阿替洛尔治疗心力衰竭患者的对比研究;重组人B型利钠肽与硝普钠治疗急性失代偿性心力衰竭患者的临床疗效和血液动力学的对比研究;重组人A型利钠肽治疗II , III 或 Ⅳ级心力衰竭患者的临床疗效和血液动力学的对比研究;钙增敏剂左西孟旦与多巴酚丁胺治疗III 或 Ⅳ级心力衰竭患者的临床疗效和血液动力学的对比研究;重组人纽兰格林治疗II , III 或 Ⅳ级心力衰竭的临床研究。
阜外医院为协和医科大学的教学医院，心力衰竭中心成为培养和培训心力衰竭专业人才的平台，自成立以来共培养了主治医师12 名、硕士9名、博士8名。
北京阜外医院高血压诊疗中心由本院高血压研究室于2003年更名，现包括研究部门和病房两部分，有教授、副教授10名。现任主任是惠汝太教授(兼)，副主任是吴海英教授。
高血压诊疗中心目前已成为临床、教学、科研齐全，国内权威性专业组之一。在临床方面，高血压中心在继发性高血压鉴别诊断研究工作处于国际先进地位，包括原发性醛固酮增多症、嗜铬细胞瘤、肾性高血压等疾病。高血压中心有完善的检查手段对各种继发性高血压进行诊断并指导治疗。刘力生教授在1964年在国际上首次提出了“大动脉炎”的概念。郑德裕教授在大动脉炎的病因、临床分型、诊断、治疗和预后方面在国际上做了最大的一组报道(530例)。近年来周围血管病的诊治方面开展了卓有成效的工作，逐步开展了周围血管病的介入治疗技术，成功诊断、治疗了大量的患者。在原发性高血压的防治方面，参与组织全国的专家编写《中国高血压防治指南》，将我国高血压基础科学、流行病学和临床科学的进展进行了有机的结合，指导全国高血压的医疗实践。2004年中国高血压指南实用本在心血管中心多位专家的参与下，已向全国推出。
在科研方面，在刘力生教授领导下，心血管大规模临床试验等方面的研究具有重要的国际影响。有八项科研成果获国家、部级和医科院校奖，其中“第一项中国心脏研究”获国家科技进步二等奖，。。国家七五攻关课题“中国老年收缩期高血压临床试验”获部科技进步二等奖与国家科技进步二等奖。“青少年高血压发病因素与防治措施”的研究获部科技进步三等奖。承担的国家“九.五”攻关课题“高血压的治疗研究(FEVER研究)为迄今为止世界卫生组织收录的唯一的中国大规模抗高血压临床试验，其主要结果在2005年欧洲高血压年会大会报告。参加多项国际协作课题。参加的国际合作项目“卒中后防止再发生研究(PROGRESS)”、“急性心急梗塞危险因素研究”(INTER-HEART)已经完成。国际合作项目“中国急性心肌梗塞研究之二”(CCS-2)，入选40000余例急性心肌梗塞患者，结果已在2005年美国心脏年会大会报告。其他进行的科研包括高血压的药物治疗与遗传的关联性研究、高血压的靶器官损害与遗传的关系、脉搏波与动脉壁弹性的关系、大动脉炎的遗传研究等方面。
目前正在开展的大规模工作主要有惠汝太教授在基层社区组织大规模临床实验，入选患者6000例，观察多种小剂量复方药物联合治疗高血压患者的疗效，并观察并发症和死亡的发生情况，以期找出适合我国广大高血压人群应用的廉价、有效、广覆盖的药物组合。
心血管中心近年来在周围血管疾病的介入治疗方面不断进取，勇于开拓，已经完成了多例肾动脉、髂动脉、股动脉、颈动脉、锁骨下动脉等大血管的介入治疗。开展了高血压与动脉弹性的研究。
高血压诊疗中心积极参与国内外的专业会议，中心也自行组织国际、国内学术会议，主要包括每年一届的“国际高血压及相关疾病
北京阜外医院肺血管病诊治中心成立于2003年4月，其前身是成立于1972年的肺心病研究室及1997年曾更名的心脏肺循环研究室。肺血管病诊治中心是心血管病内科学范畴的直接隶属于院所领导下的临床诊疗中心，设有肺血管病专科门诊和专科病房(五病区)，现有特聘著名专家1名、教授(主任医师)2名、副教授(副主任医师)2名、中心秘书1名，其中博士生导师1名、硕士生导师2名。
肺血管病诊治中心不仅诊治各种心血管内科疾病，更以其收治各种肺血管疾病如肺栓塞、肺动脉高压、右心疾病等方面的独特之处而闻名于全国。肺血管病诊治中心在全院兄弟中心如成人心脏外科中心、放射科、核医学科、超声科等部门帮助和支持下，全院各种肺血管病的诊治技术综合实力在全国处于领先水平，在某些方面达到国际先进水平。在全国首先建立了肺血管病影像学诊断方法和诊断标准;1974年诊断了第一例无心肺疾病的肺栓塞患者;1990年开展了首例急性肺栓塞溶栓治疗，1997年开展了首例慢性血栓栓塞性肺动脉高压肺动脉内膜剥脱外科手术治疗。1997年至1999年开展了首次全国肺栓塞多中心临床试验。为引导全国肺血管病的发展、提高我国肺血管病防治水平、推广普及肺血管病诊疗技术做出了重大贡献。
肺血管病诊治中心曾承担了多项科学研究基金项目，如国家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”重点科技攻关项目、国家自然科学基金项目、、首都医学发展基金项目、中国医学科学院科学基金项目以及其他合作研究项目。取得了丰硕的研究成果，获国家科技进步奖一项、全国医药科学大会奖六项、、北京市科技进步奖一项、中华医学科技奖一项、中国医学科学院医疗科技奖八项。发表论文300余篇，编写专著八部。
肺血管病诊治中心培养了几十名博士研究生和硕士研究生，毕业研究生遍布国内外，取得了可喜的成绩。此外，还培养了一批又一批来自全国各地的心内科进修医师和专科进修医师。
肺血管病诊治中心的创立和发展经历了几代人的努力。在著名专家蔡如升教授、程显声教授等老一辈专家的创业和领导下，曾经取得令人瞩目的成就，在全国学术界处于领导地位，有过辉煌的历史。然而，目前肺血管病诊治中心面临的机遇与挑战并存，中心的全体人员肩负着调整、改革、发展、重铸辉煌的重任。
北京阜外医院冠心病研究室创立于1978年，我国著名心脏病学专家陶寿淇、陈在嘉和徐义枢教授分别担任前三任室主任，现任主任为陈纪林教授。冠心病研究室是集科研、临床和教学为一体的临床研究室，2003年更名为冠心病诊断治疗中心，目前有教授(主任医师)8名，其中1名工程院院士，副主任医师8名，本中心培养的主治医师7名，在院就读博士研究生18名，硕士生11名。冠心病研究室近20多年来一直承担国家重要科研项目，从国家七五开始，八五、九五到十五攻关项目，目前还承担了国家973计划，，先后荣获国家级以及院校级科研进步奖14项。冠心病研究室主管冠心病监护病房和2个冠心病普通病房总共90张床位的临床医疗工作，每年收治急性心肌梗死患者400-500例，不稳定性心绞痛患者1000多例，还主管全内科冠心病患者的介入治疗，自1987年开展冠心病介入治疗以来，累积完成冠心病介入治疗12000余例(冠状动脉造影3万多例)，去年全年完成2555例，今年前5个月已超过1500例，预计全年将超过3000例，在数量上不仅遥遥领先于国内其它医院，目前已成为亚洲第一，并进入国际特大中心行列。从冠心病介入治疗的临床疗效看一些重要的临床疗效指标，例如住院期间死亡率和心脏事件的发生率，已明显低于国际报道，介入治疗的疗效达到国际先进水平。冠心病诊治中心多年来重视国际交流，已组织了十届国际介入治疗大会，吸引了众多国际著名的介入治疗专家来阜外医院进行学术交流，参加学术会议，同时本中心先后获得向新加坡介入大会，欧洲PCR介入大会，日本CCT介入大会以及韩国介入大会转播手术的殊荣。阜外心血管病医院介入治疗领域的知名度已享誉国内外。
为了满足广大患者的需要，阜外医院门诊于周一至周五均设有冠心病专科门诊(包括冠心病介入门诊)，对于有介入治疗指征的患者可优先收入病房，入院后1周内安排手术，1-2周内即可出院。对于在院外已完成冠状动脉造影，适合行介入治疗的患者可于介入治疗的前1-2天入院，如无并发症术后第3天即可出院。，介入治疗费用今年又进一步降低，例如支架价格较2004年又下降20%左右，因此本中心可为介入治疗患者提供最低价格和最优质的治疗。
北京阜外医院心律失常诊治中心的前身是阜外医院临床电生理研究室。它是我国心律失常领域唯一的专门研究机构和临床诊疗中心。在过去的20余年中，研究室在历届院所领导的大力支持下为我国的心律失常、心脏电生理的研究及临床工作做出了突出贡献，创造了该方面我国多项记录。目前以年介入治疗心律失常患者过千例成为我国乃至亚洲最大的心律失常介入治疗中心，也是国际知名的心律失常研究中心之一。
电生理研究室建于1981年，其前身是心电图室，现任主任张澍，副主任浦介麟，该室自1956年即陆续开展心导管检查和心血管造影工作。1965年在国内率先开展永久起搏器治疗心律失常，至今已安装三千余例，为国内最大系列。1973年用自制的前极放大器经导管第一次记录到希氏束电图。在国内最先开展了心内电生理检查。各种新型起搏器均在国内首次应用。1983年安装了国内第一台双腔起搏器和国内第一台频率应答式起搏器。1985年安装了国内第一台抗心动过速起搏器。1989年和1990年国内率先开展经冠状动脉化学消融和导管射频消融治疗快速心律失常的试验研究。1990年国内首次应用导管射频消融房室结治疗顽固性室上性快速心律失常。1991年广泛开展射频消融治疗旁道折返及房室结折返性心动过速。国内首先开展经导管射频消融治疗室性心动过速。国内首次自行安装埋藏式自动除颤器(AICD)。
心律失常诊治中心坚持始终以最新技术为广大患者提供最优质的服务。多年来成功救治了大量重症心律失常患者。在诊断方面以心电图、心室晚电位，动态心电图、食道电生理及心内电生理检查为技术特点，在治疗方面，对各种心动过缓性及心动过速性心律失常治疗水平在国内处于领先地位，尤其是近十年来应用射频消融及心脏起搏技术治愈了上万例对药物无效顽固性心动过速及心动过缓病例。
近年来研究室承担了国家、部委以及国际多项研究项目，同时也是硕士、搏士培养点及搏士后流动站。在与国内同行共同发展及竞争中进一步确立并更趋稳固学术领导地位。
“半日就医”模式即：每周六上午，病人在特需医疗中心门诊部可进行一站式心脏专科检查，包括64排CT心脏等专科检查项目均可在上午半天安排完成;阜外推出了具有心血管专科特色的分子医疗水平检测心脏血管健康评定的生化检测指标;特需医疗中心病房一线专家亲自为病人问诊、及体征检查;;如患者需进一步诊疗，可优先安排特需医疗中心的门诊挂号和住院。